อยู่ภายในโรงพยาบาลเจ้าพระยาอภัยภูเบศร ถนนปราจีนอนุสรณ์ เส้นทางหลวงหมายเลข 3069 ห่างจากตัวเมืองประมาณ 2.5 กิโลเมตร ลักษณะสถาปัตยกรรมเป็นตึกสองชั้นแบบยุโรป สมัยเรอเนสซองส์ มีมุขด้านหน้า ตรงกลางเป็นโดม ผนังด้านนอกเป็นปูนปั้นลายพฤกษาประดับซุ้มประตูและหน้าต่าง
ภายในตกแต่งแบบตะวันตก เป็นตึกที่เจ้าพระยาอภัยภูเบศรสร้างขึ้นโดยทรัพย์สินส่วนตัวในปี พ.ศ. 2452 เพื่อถวายเป็นที่ประทับแรมของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว หากเสด็จประพาสมณฑลปราจีนอีกครั้ง แต่ไม่ทันได้เสด็จประทับพระองค์ก็เสด็จสวรรคตก่อน เมื่อ พ.ศ.2453 อย่างไรก็ตามที่นี่เคยใช้เป็นที่ประทับของพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้า อยู่หัว เมื่อปี พ.ศ.2455 รวมทั้งพระบรมวงศานุวงศ์อีกหลายพระองค์ คราเสด็จมณฑลปราจีนบุรี
โดยที่ท่านเจ้าของตึกนี้ไม่เคยใช้ที่นี่เป็นที่พำนักส่วนตัวเลย ตึกนี้เคยใช้เป็นตึกอำนวยการ ชั้นล่างเป็นห้องตรวจโรค ห้องจำหน่ายยาและห้องผ่าตัด ชั้นบน ทำหน้าที่รับคนไข้หญิง จนถึงปี พ.ศ.2512 ที่ตึกอำนวยการหลังปัจจุบันเสร็จ
ปี พ.ศ.2533 กรมศิลปากรได้ประกาศขึ้นทะเบียนตึกเจ้าพระยาอภัยภูเบศรเป็นโบราณสถาน และได้มีการเปิดเป็นพิพิธภัณฑ์อย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 24 มิถุนายน พ.ศ.2539 โดยจัดทำเป็น พิพิธภัณฑ์การแพทย์แผนไทยอภัยภูเบศร เป็นศูนย์การรวบรวมอนุรักษ์ตำราไทย สมุนไพรไทย การแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านของจังหวัดปราจีนบุรี อีกทั้งยังเป็นแหล่งการศึกษา ค้นคว้า วิจัยและเผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับวิถีชีวิตของคนท้องถิ่น ที่เกี่ยวข้องกับสมุนไพรและการแพทย์ของท้องถิ่น
ชั้นล่าง จัดแสดงประวัติตึกเจ้าพระยาอภัยภูเบศร ตำนานหมอหลวง การแพทย์แผนไทย แพทย์พื้นบ้านและตัวอย่างเครื่องมือเครื่องใช้ทางการแพทย์แผนไทย เช่น [...]
